中心在重庆交通大学和长江航道局整合相关优势资源基础上组建，由重庆交通大学和长江航道局负责人以及上级主管部门重庆市科委和交通运输部的领导共同组成建设管理委员会，负责组建中心机构、确定领导班子成员、聘请行业知名专家成立工程技术委员会。在管理委员会和技术委员会的指导下，中心由主任负责日常运行和技术研发，各组成部分的职能分工、人员配置及其作用如下：

管理委员会：由重庆市科委领导、重庆交通大学和长江航道局领导、科研等管理部门负责人组成中心建设管理委员会，共26人。建设管理委员会通过召开专题会议研究解决中心发展中的重大问题，包括确定中心重要发展方向的投资计划、保障中心的建设条件、制定中心的相关配套政策。

技术委员会：工程技术委员会是中心的技术指导机构，聘请行业知名专家组成，共26人，其中院士6人。工程技术委员会在制定中心发展规划、明确科研主攻方向、申报国家重大项目、申报重大奖项、推动境内外学术交流，引进重大仪器设备等方面发挥指导和决策作用。

主任及副主任：中心实行主任负责制，设主任1名、总工程师1名、常务副主任1名、副主任8名。主要职责是组织编制中心年度工作计划，定期向中心管理委员会汇报工作，制定中心的发展策略和管理制度，负责中心的人员聘任工作，协调中心各部门的正常运行，组织中心开展对外技术合作、技术传播、技术服务、成果推广等。

中心组织机构图